6・7年生の学習と生活では、教科指導やクラブ活動、課外活動を通して個性・学力の伸長を目指しています。また、8・9年生ではクラブ活動や生徒会活動で中心的役割を担っています。特に9年生は受験指導、進路指導によって個性・学力を十分に発揮していきます。
清明学園では6年生から9年生までの4年間を第2教育期の後期と第3教育期と捉え、6年生からの教科担任制や7年生からの習熟度別学習、受験生となる9年生の夏季・冬季講習会、個人指導などを実施し、自発学習と基礎学力の充実に重点を置いた指導をおこなっています。
中等部では生徒の自発的・自主的活動として生徒会活動がおこなわれています。学校生活における問題点や課題などを改善・解決するため、生徒会役員が中心となり評議員会・各種委員会などが活動しています。また、体育祭と発表会では実行委員が中心となり行事をつくりあげています。
指導面では人間的成長を重視し、個に応じた生徒指導をおこなうことで中等部生活を支えます。