清明学園では、幼稚園年長から2年生までを第一教育期、3年生から7年生（中学1年生）までを第二教育期、8年生（中学2年生）と9年生（中学3年生）を第三教育期と分けています。
子ども一人ひとりの力を効率的に最大限に伸ばすために、子ども一人ひとりの発達のようすをを考慮し、個別指導を行っています。カリキュラムも、子どもの発達を考慮しています。
個別学習では、子どもたちは学習意欲を燃やし励みます。そのために「清明の算数」や「かんじれんしゅうちょう」などの独自の学習書も使用しています。
毎朝、制服で登校した子どもたちが教室に入って最初にすることは、体操服に着替えることです。初等部では、「子どもは元来あそぶもの」という考え方に立っているからです。全身で気兼ねなく、思う存分遊び、遊びの中から学んでほしいと考えています。1日の生活すべてを体操着で過ごし、下校の前に制服に着替える習慣になっています。
